ambos são sistemas operacionais. Mas são MUITO diferentes.
Vamos começar por uma das principais diferenças, o windows é comercial, Linux é software LIVRE. Muita gente logo diz que é "de grátis", mas na verdade software livre está longe de ser apenas gratuito, software livre é um tipo de software que permite ao usuário as liberdades básicas estipuladas por Richard Stallman e Fundação Software Livre, você pode ler mais sobre isso no link abaixo:
http://www.gnu.org/philosophy/free-sw.pt…
O windows é software comercial, e não permite que se estude seu código-fonte, só pode ser alterado pelo próprio fabricante ou pessoas autorizadas pela microsoft, e não pode ser distribuído livremente.
Um colega que respondeu anteriormente se equivocou em dizer que Linux é brasileiro, na verdade o gênio que criou o Linux (eu o considero gênio não apenas por sua habilidade como programador, mas por toda sua filosofia que permitiu ao Linux se desenvolver tanto) é finlandês. Mas isso não torna o Linux finlandês, pois justamente por ser software livre, muitas pessoas do mundo todo passaram a participar de seu desenvolvimento. GNU/Linux (como é chamado o sistema operacional, pois Linux é apenas o kernel, o núcleo do sistema) não tem uma nação específica.
Chegamos então a outra diferença. O windows tem versões (95, 98, ME, 2000, XP, Vista, etc.) e edições (Starter, Home, Professional, Ultimate, etc.). Todas são fabricadas pela microsoft, e não há grande diferença entre elas, basicamente a microsoft faz um pacote completo, que é vendido como a edição Ultimate Premium blá-blá-blá, e aí tira um pouco de recursos e vende como Home Premium (por exemplo), tira mais um pouco e vende como Basic... deu pra entender né.
Já GNU/Linux possui versão e distribuição (que por sua vez pode ter versões). Calma, vamos explicar, muita gente diz (erroneamente) que usa a VERSÃO ubuntu (só um exemplo). Na verdade Ubuntu é uma distribuição. Versão do Linux se refere somente ao kernel (o núcleo) e pode ser 2.4.xx, 2.6.xx (atuais) e por aí vai. Conforme o núcleo vai sendo melhorado esse número vai aumentando. Já a distribuição é um pacote, no qual o fabricante inclui além do GNU/Linux, interfaces gráficas (as mais usadas são KDE e Gnome), manuais, utilitários, etc. As distribuições mais conhecidas são Ubuntu, Mandriva, OpenSuse, Fedora, Debian, Slackware.
As distribuições por sua vez tem versões, conforme vão evoluindo e sendo melhoradas, a OpenSuse por exemplo está na versão 10.3. Ao contrário do windows, que é sempre feito pela microsoft e somente por ela, cada distribuição é feita por uma empresa ou entidade diferente, e podem ser parecidas ou completamente diferentes entre si. Algumas (conhecidas como mainstream) são voltadas para usuários em geral, apresentam boa interface gráfica, documentação, etc. Mas existem as especializadas, algumas são completamente voltadas para segurança, outras para rede, outras para multimedia, etc.
As distribuições também podem ser gratuitas ou comercializadas por um preço (não é cobrado pelo Linux em si, mas pelos adicionais que aquela empresa fornece, como suporte técnico, treinamento, serviços de manutenção, etc.).
Existem muitas distribuições (algumas desenvolvidas no Brasil) e cada uma traz uma proposta diferente para o usuário. É aí que o pessoal que só usa windows se confunde e reclama sem motivo. Quando se escolhe windows, o pessoal logo vai a versão mais completa (geralmente a mais cara) e pronto.
Escolher uma distribuição Linux é como escolher um carro. Não adianta você simplesmente perguntar "Qual o melhor?" e esperar que lhe digam uma resposta unânime e pronto. A resposta de qual é o melhor carro deve ser respondida por você mesma (assim como qual a melhor distribuição). Tem gente que quer carro de luxo, mas tem gente que não quer pagar tanto seguro. Tem gente que quer carro de alta performance, tem gente que quer carro econômico, e por aí vai. Assim é o mundo Linux, você tem que ver quais são suas preferências e experimentar as distribuições que mais lhe atraem e só então escolher qual a melhor. Aí entra não só uma diferença entre Linux e Windows, mas entre os usuários de Linux e Windows. Enquanto muitos usuários de windows dizem que a existência de tantas opções é ruim, para o usuário Linux em geral, é uma benção. Imagine só se só existisse um modelo de carro com 3 ou 4 versões (por motivo de preço principalmente). Achou feio? Que pena, não tem opção... Achou que gasta muito? Que pena, não tem opção... Acha que não tem muito espaço? Bom, já deu pra entender né. Pois então, existem diversos modelos de carros porque existem muitas pessoas no mundo e cada grupo tem uma preferência. É por isso que existem tantas distribuições, porque muita gente prefere segurança, enquanto outro preferem facilidade, outros preferem um sistema leve e rápido, outros preferem que venha com muitos programas incluídos no pacote, etc.
Bom minha cara, desculpe o tamanho da resposta, mas isso foi só para mostrar as diferenças BÁSICAS entre os dois sistemas operacionais. Uma resposta detalhada seria muito maior, mesmo sem incluir as opiniões pessoais que o pessoal adora colocar mesmo quando a pergunta pede apenas fatos.
Espero que tenha lhe ajudado e gostaria de deixar registrado que muitas das reclamações que são feitas contra o Linux na verdade são infundadas, pois gente que nem mesmo instala uma distribuição decente e não chega a usar nem uma semana sai por aí dizendo que é difícil, complicado, etc.
Acho que todos tem direito a sua opinião, mas se não tem paciência e/ou vontade de aprender sobre o Linux, sejam honestos e digam isso. Não fiquem inventando e dizendo coisas negativas sobre algo que vocês nem conhecem direito.
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